Le programme s'appuie sur une série de projets scientifiques et techniques qui mobilisent les compétences de chercheurs, d'ingénieurs et d'acteurs socio-économiques. Ensemble, ils contribuent à produire de nouvelles connaissances, à développer des outils de simulation et à concevoir des services innovants pour la gestion durable des ressources naturelles.
Cette démarche repose sur une méthodologie collaborative associant les besoins des utilisateurs, les données issues de l'observation des milieux et les technologies numériques les plus avancées. Les cas d'usage identifiés avec les acteurs du territoire permettent d'orienter le développement des jumeaux numériques vers des applications concrètes et utiles.
JUNON s'appuie également sur l'héritage du programme PIVOTS, un ensemble unique de plateformes expérimentales dédiées à la métrologie environnementale. Ces infrastructures fournissent des données de référence sur les sols, le sous-sol, l'eau et l'air et constituent un socle essentiel pour mieux comprendre le fonctionnement des milieux naturels et alimenter les modèles numériques développés dans le cadre du programme.
Ancré au cœur de la région Centre-Val de Loire, JUNON fait de ce territoire un véritable observatoire de plaine à grande échelle, permettant d'étudier les interactions entre les milieux agricoles, forestiers, fluviaux et urbains et d'anticiper leur évolution face aux changements environnementaux.